Το κύπελλο Ελλάδας δεν τον πάει. Ο Παναιτωλικός δεν έχει καλή σχέση με τη συγκεκριμένη διοργάνωση, καθώς είτε ο ίδιος κλωτσάει ευκαιρίες διάκρισης είτε η κληρωτίδα τον στέλνει στα βράχια. Η μεγαλύτερη διάκρισή του είναι η συμμετοχή στις 16 ομάδες και τίποτα παραπάνω.
Τις δύο πρώτες χρονιές που εφαρμόστηκε το σύστημα της φάση ομίλων, ο Παναιτωλικός δεν μπόρεσε να κερδίσει κανέναν αντίπαλο! Το 2014-2015 έχασε από τα Χανιά 1-0 στο Αγρίνιο, από τον Παναθηναϊκό 3-1 στη Λεωφόρο και από τον Ολυμπιακό Βόλου 2-0 στο Αγρίνιο. Την περίοδο 2015-2016 έχασε από τον Πανιώνιο 2-1 στο Αγρίνιο, από τον Εργοτέλη 3-2 στο Ηράκλειο και από τη Ζάκυνθο εκτός με 1-0.
Την περίοδο 2016-2017 πέρασε από τον όμιλο για πρώτη φορά. Άρχισε με ήττα 1-0 από τον Ατρόμητο στο Περιστέρι, νίκησε 1-0 τον Πανθρακικό στο Αγρίνιο και την Καλλιθέα εκτός 5-1. Μετά έπεσε πάνω στον ΠΑΟΚ και αποκλείστηκε με δύο ήττες.
Κάτι αντίστοιχο συνέβη πέρσι. Έχασε τον πρώτο αγώνα στην Ξάνθη με 2-0, κέρδισε 2-0 τον Πανσερραϊκό και 0-5 τον Εργοτέλη. Ακολούθησε αποκλεισμός με δύο ήττες από την ΑΕΚ.
Τώρα ως επικεφαλής του ομίλου, έπεσε πάνω στον ισχυρότερο αντίπαλο που μπορούσε να έχει από το 2ο γκρουπ, τον Παναθηναϊκό. Αν και υπήρχαν ομάδες όπως ο Απόλλων, η Λαμία, ο Λεβαδειακός, με τις οποίες θα είχε ευκολότερο έργο. Οι άλλες δύο ομάδες που θα βρει στο δρόμο του, μπορεί να μην είναι… μεγαθήρια, αλλά θα κληθεί να κάνει δύο ταξίδια στην Κρήτη, εν μέσω σημαντικών αναμετρήσεων της Super League. Με Κισσαμικό θα παίξει ανάμεσα στους αγώνες με Αστέρα (εντός) – Πανιώνιο (εκτός) και με την Ιεράπετρα ανάμεσα στους αγώνες με Ολυμπιακό (εκτός) – Απόλλωνα (εντός).