Χωρίς νίκη με τις ομάδες της Super League από τότε που το κύπελλο διοργανώνεται με τη σημερινή του μορφή, παραμένει ο Παναιτωλικός, ο οποίος φέτος βρήκε στο δρόμο του την Ξάνθη.
Πέρσι έχασε 1-0 στο Περιστέρι από τον Ατρόμητο και νικώντας 1-0 τον Πανθρακικό στο Αγρίνιο και 5-1 στην Καλλιθέα, προκρίθηκε για πρώτη φορά από όμιλο! Στη φάση των 16, γνώρισε δύο ήττες από τον ΠΑΟΚ, 0-2 στο Αγρίνιο και 4-1 στην Τούμπα.
Την περίοδο 2015- 2016 έχασε στους ομίλους 1-2 από τον Πανιώνιο, 3-2 στην Κρήτη από τον Εργοτέλη και 1-0 στη Ζάκυνθο, οπότε αποκλείστηκε χωρίς βαθμό. Εκτός διοργάνωσης με τρεις ήττες στον όμιλό του είχε και την προηγούμενη σεζόν. Με τα Χανιά 0-1, με τον Παναθηναϊκό 3-1 και με τον Ολυμπιακό Βόλου 0-2.
Αλλά και πριν την καθιέρωση των ομίλων, τα αποτελέσματα δεν ήταν καλύτερα. Την περίοδο 2013-2014 κέρδισε σε διπλούς αγώνες της Κέρκυρα (ήταν τότε στη Β’) και στη συνέχεια έχασε δύο φορές από τον Ατρόμητο (2-0 σε Αγρίνιο και Περιστέρι) και αποκλείστηκε.
Την περίοδο 2012-2013 που είχε υποβιβαστεί στη Β’, έδωσε ένα και μοναδικό αγώνα χάνοντας στο Αίγιο 3-1 από τον Παναιγιάλειο (Γ’ Εθνική).
Στην πρώτη του παρουσία στη Super League είχε αποκλείσει στη Λάρισα την ΑΕΛ στη διαδικασία των πέναλτι και αποκλείστηκε στην επόμενη φάση χάνοντας με 3-1 από τον ΟΦΗ στο Αγρίνιο.
Την περίοδο 2010-2011 που αναδείχτηκε πρωταθλητής στη Β’ Εθνική, είχε νικήσει 1-0 εκτός έδρας την Επανομή, αλλά έχασε με 2-0 στο Αγρίνιο από τον Ηρακλή (Super League) και έμεινε εκτός.
Κάτι αντίστοιχο είχε συμβεί την προηγούμενη χρονιά. Κέρδισε στη Βέροια 2-0, αλλά έχασε στο Αγρίνιο από τον Πανιώνιο (0-0) στα πέναλτι.
Την περίοδο 2008-2009 νίκησε 3-0 τον Ατσαλένιο στο Αγρίνιο και στα πέναλτι τον Ολυμπιακό Βόλου (1-1). Στην επόμενη φάση έχασε από τη Λάρισα στο Αγρίνιο 2-0.
Την περίοδο 2007-2008 είχε νικήσει τον Ιωνικό (μόλις είχε υποβιβαστεί από την Α’) με 4-0, αλλά έπαθε μεγάλο κάζο στο επόμενο ματς, γνωρίζοντας την ήττα από τον Φωστήρα με 2-1 στο Αγρίνιο και χάνοντας την ευκαιρία να υποδεχτεί στην επόμενη φάση την ΑΕΚ.